Cet Institut, membre depuis sa création du système de contrôle européen EQCS (European Quality Control System), est dirigé par un Comité Directeur composé de 8 membres.
Afin de préserver son indépendance, QUALIJUS sous-traite les prélèvements, les audits et analyses portant sur la conformité des jus et nectars de fruits à des tierces parties indépendantes (prestataires).
Un Comité Exécutif, constitué d'experts, évalue les résultats des analyses et les rapports d'inspection.