L'EQCS regroupe à la fois :
- Les systèmes nationaux (NQCS) ou régionnaux (RQCS, qui regroupent plusieurs pays) de contrôle des produits finis, jus de fruits ou de légumes et nectars, mis sur les marchés.
- Le système SGF-IRMA de contrôle des matières premières. SGF IRMA contrôle l'ensemble des matières premières mises sur le marché et les sites de production au niveau mondial quelque soit le pays d'origine. Ce service est "mutualisé" au niveau européen, SGF IRMA assurant ce service pour le compte de l'ensemble de ses membres européens (NQCS OU RQCS).
Les membres participant à ces organismes de contrôle peuvent utiliser les logos d'identification correspondant à leur activité pour indiquer leur implication dans cette démarche.